まずは本当にレイヤーが統合されているかどうか確認をお願いします。
レイヤーが統合されているのに「レイヤーを統合してください」とエラーが表示された場合、下記方法を試してください。

1. Clip Studioよりpsdに書き出す際に、「背景として出力する」の項目をチェックしてください。
   チェックされていないとレイヤーは未統合だと認識されます。
2. PDFデータを書き出す際に、「上位レベルのレイヤーからAcrobatレイヤーを作成」の項目を外してください。
3. psdではなく、「png」など画像形式で書き出してください。